Se il mezzo è rimasto praticamente fermo per molto tempo l'idea di fare qualche intervento di manutenzione e magari migliorare qualche parte è ottima.
Direi che tutto dipende da cosa vuoi fare, come guidi, quanto vuoi tenere la moto.
Se hai intenzione di tenerla per ancora qualche anno e diciamo almeno altri 20.000-30.000 km (che non stai tanto a fare se inizia a girare con continuità

) ha sicuramente senso fare quel qualcosa in più che potrebbe farti scoprire una "nuova" moto.
Se invece non sei sicuro e/o magari punti a venderla prima dei 30.000 ti sconsiglio di fare certi interventi perché difficilmente riusciresti a migliorarne la quotazione, anzi.
Al momento della vendita in genere è meglio avere un mezzo il più di serie possibile.
Sai che quello che hai in mente ti porterà a spendere sui 2.000 euro se fai tutto (in realtà no viene anche di più dipende dalle sospensioni), vero?
FRENI
Ti direi di far controllare bene le pinze freno, magari facendole revisionare completamente, cambiare tubi freno con quelli in treccia, sono disponibile kit già pronti di varie marche.
Se vuoi completare l'opera cambia anche le pastiglie.
Allora, qui ci sono filosofie diverse.
Personalmente sono un grande fan di quelle di serie che frenano bene sempre, durano il giusto e non distruggono i dischi.
Però costano.
Se vuoi quel qualcosa in più, per l'anteriore, puoi montare le DID ZCOO.
Però anche queste costano.
Tutto questo ti garantirà una frenata pronta ed una resistenza all'affaticamento superiore (di molto con le ZCOO).
MOTORE
La FZ6 soffre di una curva d'erogazione non ottimale e di un marcato on-off.
Non il massimo per la guida, specie quella su strada.
A parte cose strane, uno degli interventi che ti consiglio è la IAT di belinassu (
https://www.belinassu.it/): l'hanno montata in tanti su svariate moto ed elimina quasi del tutto l'on-off e regolarizza l'erogazione.
L'intervento è invisibile e reversibile oltre che relativamente poco costoso.
Da fare.
Per la cronaca: zady5 ha creato un prodotto simile, lo trovi qui sul forum.
SCARICO
L'unico vero difetto degli scarichi originali è che pesano.
Garantiscono nel 90% dei casi il miglior compromesso possibile tra resa ai bassi ed agli alti contenendo il rumore a livelli accettabili.
Se la tua è catalizzata qualcosa si guadagna, in termini di peso e calore generato più che di resa motore, eliminando il catalizzatore.
Se la tua idea è quella di intervenire sui terminali invece ti sconsiglio di toccarli.
Specie per montare roba "esotica".
Nella quasi totalità dei casi aumenti di molto la rumorosità, cosa non consigliabile perché attiri l'attenzione e disturbi gli altri utenti della strada, e rovini l'erogazione del motore.
Ci sono scarichi aftermarket che funzionano, ma costano.
Tipo Akrapovic.
Calcola anche che se intendi andare all'estero ci sono posti, come la svizzera, che sono poco tolleranti con certe modifiche e lo "sfizio" di uno scarico racing potrebbe costarti caro.
Io non ci spenderei, non migliora niente a livello di guida.
SOSPENSIONI
Di sicuro il comparto dove le jap sono più carenti, da sempre.
E che influisce molto sulla guida e di conseguenza sulla sicurezza.
Ci sono varie possibilità, io ti consiglio di orientarti sulle soluzioni di Andreani.
Sono più costose rispetto ad altre ma il risultato è garantito.
Così come l'assistenza.
Qui io spenderei, cioè ho già speso sulla mia (molto più del valore della moto in sè in effetti

)
GOMME
Come ti ha detto Julian89 cambia le gomme.
Quando si parla di gomme tra motociclisti di solito non se ne salta fuori

In generale rimani sui marchi premium: Bridgestone, Continental, Dunlop, Metzler, Michelin, Pirelli.
Tieni presente che le "turistiche" moderne hanno prestazioni molto elevate e garantiscono prestazioni notevoli anche in caso di guida molto sportiva.
Ti direi di evitare i modelli più sportivi perché potrebbero essere meno efficaci in caso di guida tranquilla e di sicuro meno sicure in caso di pioggia, sporco e temperature basse.
Leggi un poco qui sul forum le varie recensioni.
Rimani però su modelli moderni, evita gomme di vecchia concezione tipo le Dunlop Qualifier per intenderci: trovi occasioni a buon prezzo ma compri "roba vecchia".
Non ti ci ammazzi, questo no.
Ma i modelli recenti sono veramente un'altra cosa.
In generale ti direi di partire di sicuro con le gomme, i freni, cambiare l'olio alla forcella e montare la IAT.
Quindi fare le sospensioni.
Sull'estetica non ti posso dire niente, sono noto per la mia trasandatezza.
Raramente sottraggo tempo e soldi alla manutenzione per fare qualcosa sull'estetica.